source: thirdparty/SZ/sz/src/szd_uint8.c @ 2c47b73

Revision 2c47b73, 25.0 KB checked in by Hal Finkel <hfinkel@…>, 6 years ago (diff)

more work on adding SZ (latest version)
  • Property mode set to 100644
Line 
1/**
2 *  @file szd_uint8.c
3 *  @author Sheng Di
4 *  @date Aug, 2017
5 *  @brief
6 *  (C) 2017 by Mathematics and Computer Science (MCS), Argonne National Laboratory.
7 *      See COPYRIGHT in top-level directory.
8 */
9
10#include <stdlib.h>
11#include <stdio.h>
12#include <string.h>
13#include <math.h>
14#include "TightDataPointStorageI.h"
15#include "sz.h"
16#include "szd_uint8.h"
17#include "Huffman.h"
18
19/**
20 *
21 *
22 * @return status SUCCESSFUL (SZ_SCES) or not (other error codes) f
23 * */
24int SZ_decompress_args_uint8(uint8_t** newData, size_t r5, size_t r4, size_t r3, size_t r2, size_t r1, unsigned char* cmpBytes, size_t cmpSize)
25{
26        int status = SZ_SCES;
27        size_t dataLength = computeDataLength(r5,r4,r3,r2,r1);
28       
29        //unsigned char* tmpBytes;
30        size_t targetUncompressSize = dataLength <<2; //i.e., *4
31        //tmpSize must be "much" smaller than dataLength
32        size_t i, tmpSize = 3+MetaDataByteLength+1+sizeof(uint8_t)+exe_params->SZ_SIZE_TYPE;
33        unsigned char* szTmpBytes;     
34               
35        if(cmpSize!=4+1+4+MetaDataByteLength && cmpSize!=4+1+8+MetaDataByteLength)
36        {
37                int isZlib = isZlibFormat(cmpBytes[0], cmpBytes[1]);
38                if(isZlib)
39                        confparams_dec->szMode = SZ_BEST_COMPRESSION;
40                else
41                        confparams_dec->szMode = SZ_BEST_SPEED;         
42                if(confparams_dec->szMode==SZ_BEST_SPEED)
43                {
44                        tmpSize = cmpSize;
45                        szTmpBytes = cmpBytes; 
46                }
47                else if(confparams_dec->szMode==SZ_BEST_COMPRESSION || confparams_dec->szMode==SZ_DEFAULT_COMPRESSION)
48                {
49                        if(targetUncompressSize<MIN_ZLIB_DEC_ALLOMEM_BYTES) //Considering the minimum size
50                                targetUncompressSize = MIN_ZLIB_DEC_ALLOMEM_BYTES; 
51                        tmpSize = zlib_uncompress5(cmpBytes, (unsigned long)cmpSize, &szTmpBytes, (unsigned long)targetUncompressSize+4+MetaDataByteLength+exe_params->SZ_SIZE_TYPE);//         (unsigned long)targetUncompressSize+8: consider the total length under lossless compression mode is actually 3+4+1+targetUncompressSize
52                        //szTmpBytes = (unsigned char*)malloc(sizeof(unsigned char)*tmpSize);
53                        //memcpy(szTmpBytes, tmpBytes, tmpSize);
54                        //free(tmpBytes); //release useless memory             
55                }
56                else
57                {
58                        printf("Wrong value of confparams_dec->szMode in the double compressed bytes.\n");
59                        status = SZ_MERR;
60                        return status;
61                }       
62        }
63        else
64                szTmpBytes = cmpBytes;
65        //TODO: convert szTmpBytes to data array.
66        TightDataPointStorageI* tdps;
67        int errBoundMode = new_TightDataPointStorageI_fromFlatBytes(&tdps, szTmpBytes, tmpSize);
68        //writeByteData(tdps->typeArray, tdps->typeArray_size, "decompress-typebytes.tbt");
69        int dim = computeDimension(r5,r4,r3,r2,r1);     
70        int intSize = sizeof(uint8_t);
71        if(tdps->isLossless)
72        {
73                *newData = (uint8_t*)malloc(intSize*dataLength);
74                if(sysEndianType==BIG_ENDIAN_SYSTEM)
75                {
76                        memcpy(*newData, szTmpBytes+4+MetaDataByteLength+exe_params->SZ_SIZE_TYPE, dataLength*intSize);
77                }
78                else
79                {
80                        unsigned char* p = szTmpBytes+4+MetaDataByteLength+exe_params->SZ_SIZE_TYPE;
81                        for(i=0;i<dataLength;i++,p+=intSize)
82                                (*newData)[i] = *p;
83                }               
84        }
85        else if (dim == 1)
86                getSnapshotData_uint8_1D(newData,r1,tdps, errBoundMode);
87        else
88        if (dim == 2)
89                getSnapshotData_uint8_2D(newData,r2,r1,tdps, errBoundMode);
90        else
91        if (dim == 3)
92                getSnapshotData_uint8_3D(newData,r3,r2,r1,tdps, errBoundMode);
93        else
94        if (dim == 4)
95                getSnapshotData_uint8_4D(newData,r4,r3,r2,r1,tdps, errBoundMode);
96        else
97        {
98                printf("Error: currently support only at most 4 dimensions!\n");
99                status = SZ_DERR;
100        }
101        free_TightDataPointStorageI2(tdps);
102        if(confparams_dec->szMode!=SZ_BEST_SPEED && cmpSize!=4+sizeof(uint8_t)+exe_params->SZ_SIZE_TYPE+MetaDataByteLength)
103                free(szTmpBytes);
104        return status;
105}
106
107
108void decompressDataSeries_uint8_1D(uint8_t** data, size_t dataSeriesLength, TightDataPointStorageI* tdps) 
109{
110        updateQuantizationInfo(tdps->intervals);
111        size_t i;
112        double interval = tdps->realPrecision*2;
113       
114        *data = (uint8_t*)malloc(sizeof(uint8_t)*dataSeriesLength);
115
116        int* type = (int*)malloc(dataSeriesLength*sizeof(int));
117
118        HuffmanTree* huffmanTree = createHuffmanTree(tdps->stateNum);
119        decode_withTree(huffmanTree, tdps->typeArray, dataSeriesLength, type);
120        SZ_ReleaseHuffman(huffmanTree); 
121
122        //sdi:Debug
123        //writeUShortData(type, dataSeriesLength, "decompressStateBytes.sb");
124       
125        long predValue, tmp;
126        uint8_t minValue, exactData;
127       
128        minValue = tdps->minValue;
129       
130        int exactByteSize = tdps->exactByteSize;
131        unsigned char* exactDataBytePointer = tdps->exactDataBytes;
132       
133        unsigned char curBytes[8] = {0,0,0,0,0,0,0,0};
134       
135        int rightShiftBits = computeRightShiftBits(exactByteSize, SZ_UINT8);
136        if(rightShiftBits<0)
137        {
138                printf("Error: rightShift < 0!\n");
139                exit(0);
140        }
141        int type_;
142        for (i = 0; i < dataSeriesLength; i++) {
143                type_ = type[i];
144                switch (type_) {
145                case 0:
146                        // recover the exact data       
147                        memcpy(curBytes, exactDataBytePointer, exactByteSize);
148                        exactData = curBytes[0];
149                        exactData = (uint8_t)exactData >> rightShiftBits;
150                        exactDataBytePointer += exactByteSize;
151                        (*data)[i] = exactData + minValue;
152                        break;
153                default:
154                        //predValue = 2 * (*data)[i-1] - (*data)[i-2];
155                        predValue = (*data)[i-1];
156                        tmp = predValue + (type_-exe_params->intvRadius)*interval;
157                        if(tmp >= SZ_UINT8_MIN&&tmp<SZ_UINT8_MAX)
158                                (*data)[i] = tmp;
159                        else if(tmp < SZ_UINT8_MIN)
160                                (*data)[i] = SZ_UINT8_MIN;
161                        else
162                                (*data)[i] = SZ_UINT8_MAX;
163                        break;
164                }
165                //printf("%.30G\n",(*data)[i]);
166        }
167        free(type);
168        return;
169}
170
171void decompressDataSeries_uint8_2D(uint8_t** data, size_t r1, size_t r2, TightDataPointStorageI* tdps) 
172{
173        updateQuantizationInfo(tdps->intervals);
174        //printf("tdps->intervals=%d, exe_params->intvRadius=%d\n", tdps->intervals, exe_params->intvRadius);
175       
176        size_t dataSeriesLength = r1*r2;
177        //      printf ("%d %d\n", r1, r2);
178
179        double realPrecision = tdps->realPrecision;
180
181        *data = (uint8_t*)malloc(sizeof(uint8_t)*dataSeriesLength);
182
183        int* type = (int*)malloc(dataSeriesLength*sizeof(int));
184
185        HuffmanTree* huffmanTree = createHuffmanTree(tdps->stateNum);
186        decode_withTree(huffmanTree, tdps->typeArray, dataSeriesLength, type);
187        SZ_ReleaseHuffman(huffmanTree); 
188
189        uint8_t minValue, exactData;
190
191        minValue = tdps->minValue;
192       
193        int exactByteSize = tdps->exactByteSize;
194        unsigned char* exactDataBytePointer = tdps->exactDataBytes;
195       
196        unsigned char curBytes[8] = {0,0,0,0,0,0,0,0};
197       
198        int rightShiftBits = computeRightShiftBits(exactByteSize, SZ_UINT8);   
199       
200        long pred1D, pred2D, tmp;
201        size_t ii, jj;
202
203        /* Process Row-0, data 0 */
204
205        // recover the exact data
206        memcpy(curBytes, exactDataBytePointer, exactByteSize);
207        exactData = curBytes[0];
208        exactData = (uint8_t)exactData >> rightShiftBits;
209        exactDataBytePointer += exactByteSize;
210        (*data)[0] = exactData + minValue;
211
212        /* Process Row-0, data 1 */
213        int type_ = type[1]; 
214        if (type_ != 0)
215        {
216                pred1D = (*data)[0];
217                tmp = pred1D + 2 * (type_ - exe_params->intvRadius) * realPrecision;
218                if(tmp >= SZ_UINT8_MIN&&tmp<SZ_UINT8_MAX)
219                        (*data)[1] = tmp;
220                else if(tmp < SZ_UINT8_MIN)
221                        (*data)[1] = SZ_UINT8_MIN;
222                else
223                        (*data)[1] = SZ_UINT8_MAX;
224                       
225        }
226        else
227        {
228                // recover the exact data
229                memcpy(curBytes, exactDataBytePointer, exactByteSize);
230                exactData = curBytes[0];
231                exactData = (uint8_t)exactData >> rightShiftBits;
232                exactDataBytePointer += exactByteSize;
233                (*data)[1] = exactData + minValue;
234        }
235
236        /* Process Row-0, data 2 --> data r2-1 */
237        for (jj = 2; jj < r2; jj++)
238        {
239                type_ = type[jj];
240                if (type_ != 0)
241                {
242                        pred1D = 2*(*data)[jj-1] - (*data)[jj-2];                               
243                        tmp = pred1D + 2 * (type_ - exe_params->intvRadius) * realPrecision;
244                        if(tmp >= SZ_UINT8_MIN&&tmp<SZ_UINT8_MAX)
245                                (*data)[jj] = tmp;
246                        else if(tmp < SZ_UINT8_MIN)
247                                (*data)[jj] = SZ_UINT8_MIN;
248                        else
249                                (*data)[jj] = SZ_UINT8_MAX;
250                }
251                else
252                {
253                        // recover the exact data
254                        memcpy(curBytes, exactDataBytePointer, exactByteSize);
255                        exactData = curBytes[0];
256                        exactData = (uint8_t)exactData >> rightShiftBits;
257                        exactDataBytePointer += exactByteSize;
258                        (*data)[jj] = exactData + minValue;
259                }
260        }
261
262        size_t index;
263        /* Process Row-1 --> Row-r1-1 */
264        for (ii = 1; ii < r1; ii++)
265        {
266                /* Process row-ii data 0 */
267                index = ii*r2;
268
269                type_ = type[index];
270                if (type_ != 0)
271                {
272                        pred1D = (*data)[index-r2];             
273                        tmp = pred1D + 2 * (type_ - exe_params->intvRadius) * realPrecision;
274                        if(tmp >= SZ_UINT8_MIN&&tmp<SZ_UINT8_MAX)
275                                (*data)[index] = tmp;
276                        else if(tmp < SZ_UINT8_MIN)
277                                (*data)[index] = SZ_UINT8_MIN;
278                        else
279                                (*data)[index] = SZ_UINT8_MAX;
280                }
281                else
282                {
283                        // recover the exact data
284                        memcpy(curBytes, exactDataBytePointer, exactByteSize);
285                        exactData = curBytes[0];
286                        exactData = (uint8_t)exactData >> rightShiftBits;
287                        exactDataBytePointer += exactByteSize;
288                        (*data)[index] = exactData + minValue;
289                }
290
291                /* Process row-ii data 1 --> r2-1*/
292                for (jj = 1; jj < r2; jj++)
293                {
294                        index = ii*r2+jj;
295                        pred2D = (*data)[index-1] + (*data)[index-r2] - (*data)[index-r2-1];
296
297                        type_ = type[index];
298                        if (type_ != 0)
299                        {
300                                tmp = pred2D + 2 * (type_ - exe_params->intvRadius) * realPrecision;
301                                if(tmp >= SZ_UINT8_MIN&&tmp<SZ_UINT8_MAX)
302                                        (*data)[index] = tmp;
303                                else if(tmp < SZ_UINT8_MIN)
304                                        (*data)[index] = SZ_UINT8_MIN;
305                                else
306                                        (*data)[index] = SZ_UINT8_MAX;
307                        }
308                        else
309                        {
310                                // recover the exact data
311                                memcpy(curBytes, exactDataBytePointer, exactByteSize);
312                                exactData = curBytes[0];
313                                exactData = (uint8_t)exactData >> rightShiftBits;
314                                exactDataBytePointer += exactByteSize;
315                                (*data)[index] = exactData + minValue;
316                        }
317                }
318        }
319
320        free(type);
321        return;
322}
323
324void decompressDataSeries_uint8_3D(uint8_t** data, size_t r1, size_t r2, size_t r3, TightDataPointStorageI* tdps) 
325{
326        updateQuantizationInfo(tdps->intervals);
327        size_t dataSeriesLength = r1*r2*r3;
328        size_t r23 = r2*r3;
329//      printf ("%d %d %d\n", r1, r2, r3);
330        double realPrecision = tdps->realPrecision;
331
332        *data = (uint8_t*)malloc(sizeof(uint8_t)*dataSeriesLength);
333        int* type = (int*)malloc(dataSeriesLength*sizeof(int));
334
335        HuffmanTree* huffmanTree = createHuffmanTree(tdps->stateNum);
336        decode_withTree(huffmanTree, tdps->typeArray, dataSeriesLength, type);
337        SZ_ReleaseHuffman(huffmanTree); 
338
339        uint8_t minValue, exactData;
340
341        minValue = tdps->minValue;
342       
343        int exactByteSize = tdps->exactByteSize;
344        unsigned char* exactDataBytePointer = tdps->exactDataBytes;
345       
346        unsigned char curBytes[8] = {0,0,0,0,0,0,0,0};
347       
348        int rightShiftBits = computeRightShiftBits(exactByteSize, SZ_UINT8);   
349       
350        long pred1D, pred2D, pred3D, tmp;
351        size_t ii, jj, kk;
352
353        ///////////////////////////     Process layer-0 ///////////////////////////
354        /* Process Row-0 data 0*/
355
356        // recover the exact data
357        memcpy(curBytes, exactDataBytePointer, exactByteSize);
358        exactData = curBytes[0];
359        exactData = (uint8_t)exactData >> rightShiftBits;
360        exactDataBytePointer += exactByteSize;
361        (*data)[0] = exactData + minValue;
362
363        /* Process Row-0, data 1 */
364        pred1D = (*data)[0];
365
366        int type_ = type[1];
367        if (type_ != 0)
368        {
369                tmp = pred1D + 2 * (type_ - exe_params->intvRadius) * realPrecision;
370                if(tmp >= SZ_UINT8_MIN&&tmp<SZ_UINT8_MAX)
371                        (*data)[1] = tmp;
372                else if(tmp < SZ_UINT8_MIN)
373                        (*data)[1] = SZ_UINT8_MIN;
374                else
375                        (*data)[1] = SZ_UINT8_MAX;
376        }
377        else
378        {
379                memcpy(curBytes, exactDataBytePointer, exactByteSize);
380                exactData = curBytes[0];
381                exactData = (uint8_t)exactData >> rightShiftBits;
382                exactDataBytePointer += exactByteSize;
383                (*data)[1] = exactData + minValue;
384        }
385        /* Process Row-0, data 2 --> data r3-1 */
386        for (jj = 2; jj < r3; jj++)
387        {
388                pred1D = 2*(*data)[jj-1] - (*data)[jj-2];
389
390                type_ = type[jj];
391                if (type_ != 0)
392                {
393                        tmp = pred1D + 2 * (type_ - exe_params->intvRadius) * realPrecision;
394                        if(tmp >= SZ_UINT8_MIN&&tmp<SZ_UINT8_MAX)
395                                (*data)[jj] = tmp;
396                        else if(tmp < SZ_UINT8_MIN)
397                                (*data)[jj] = SZ_UINT8_MIN;
398                        else
399                                (*data)[jj] = SZ_UINT8_MAX;             }
400                else
401                {
402                        memcpy(curBytes, exactDataBytePointer, exactByteSize);
403                        exactData = curBytes[0];
404                        exactData = (uint8_t)exactData >> rightShiftBits;
405                        exactDataBytePointer += exactByteSize;
406                        (*data)[jj] = exactData + minValue;
407                }
408        }
409
410        size_t index;
411        /* Process Row-1 --> Row-r2-1 */
412        for (ii = 1; ii < r2; ii++)
413        {
414                /* Process row-ii data 0 */
415                index = ii*r3;
416                pred1D = (*data)[index-r3];
417
418                type_ = type[index];
419                if (type_ != 0)
420                {
421                        tmp = pred1D + 2 * (type_ - exe_params->intvRadius) * realPrecision;
422                        if(tmp >= SZ_UINT8_MIN&&tmp<SZ_UINT8_MAX)
423                                (*data)[index] = tmp;
424                        else if(tmp < SZ_UINT8_MIN)
425                                (*data)[index] = SZ_UINT8_MIN;
426                        else
427                                (*data)[index] = SZ_UINT8_MAX;
428                }
429                else
430                {
431                        memcpy(curBytes, exactDataBytePointer, exactByteSize);
432                        exactData = curBytes[0];
433                        exactData = (uint8_t)exactData >> rightShiftBits;
434                        exactDataBytePointer += exactByteSize;
435                        (*data)[index] = exactData + minValue;
436                }
437
438                /* Process row-ii data 1 --> r3-1*/
439                for (jj = 1; jj < r3; jj++)
440                {
441                        index = ii*r3+jj;
442                        pred2D = (*data)[index-1] + (*data)[index-r3] - (*data)[index-r3-1];
443
444                        type_ = type[index];
445                        if (type_ != 0)
446                        {
447                                tmp = pred2D + 2 * (type_ - exe_params->intvRadius) * realPrecision;
448                                if(tmp >= SZ_UINT8_MIN&&tmp<SZ_UINT8_MAX)
449                                        (*data)[index] = tmp;
450                                else if(tmp < SZ_UINT8_MIN)
451                                        (*data)[index] = SZ_UINT8_MIN;
452                                else
453                                        (*data)[index] = SZ_UINT8_MAX;
454                        }
455                        else
456                        {
457                                memcpy(curBytes, exactDataBytePointer, exactByteSize);
458                                exactData = curBytes[0];
459                                exactData = (uint8_t)exactData >> rightShiftBits;
460                                exactDataBytePointer += exactByteSize;
461                                (*data)[index] = exactData + minValue;
462                        }
463                }
464        }
465
466        ///////////////////////////     Process layer-1 --> layer-r1-1 ///////////////////////////
467
468        for (kk = 1; kk < r1; kk++)
469        {
470                /* Process Row-0 data 0*/
471                index = kk*r23;
472                pred1D = (*data)[index-r23];
473
474                type_ = type[index];
475                if (type_ != 0)
476                {
477                        tmp = pred1D + 2 * (type_ - exe_params->intvRadius) * realPrecision;
478                        if(tmp >= SZ_UINT8_MIN&&tmp<SZ_UINT8_MAX)
479                                (*data)[index] = tmp;
480                        else if(tmp < SZ_UINT8_MIN)
481                                (*data)[index] = SZ_UINT8_MIN;
482                        else
483                                (*data)[index] = SZ_UINT8_MAX;
484                }
485                else
486                {
487                        memcpy(curBytes, exactDataBytePointer, exactByteSize);
488                        exactData = curBytes[0];
489                        exactData = (uint8_t)exactData >> rightShiftBits;
490                        exactDataBytePointer += exactByteSize;
491                        (*data)[index] = exactData + minValue;
492                }
493
494                /* Process Row-0 data 1 --> data r3-1 */
495                for (jj = 1; jj < r3; jj++)
496                {
497                        index = kk*r23+jj;
498                        pred2D = (*data)[index-1] + (*data)[index-r23] - (*data)[index-r23-1];
499
500                        type_ = type[index];
501                        if (type_ != 0)
502                        {
503                                tmp = pred2D + 2 * (type_ - exe_params->intvRadius) * realPrecision;
504                                if(tmp >= SZ_UINT8_MIN&&tmp<SZ_UINT8_MAX)
505                                        (*data)[index] = tmp;
506                                else if(tmp < SZ_UINT8_MIN)
507                                        (*data)[index] = SZ_UINT8_MIN;
508                                else
509                                        (*data)[index] = SZ_UINT8_MAX;
510                        }
511                        else
512                        {
513                                memcpy(curBytes, exactDataBytePointer, exactByteSize);
514                                exactData = curBytes[0];
515                                exactData = (uint8_t)exactData >> rightShiftBits;
516                                exactDataBytePointer += exactByteSize;
517                                (*data)[index] = exactData + minValue;
518                        }
519                }
520
521                /* Process Row-1 --> Row-r2-1 */
522                for (ii = 1; ii < r2; ii++)
523                {
524                        /* Process Row-i data 0 */
525                        index = kk*r23 + ii*r3;
526                        pred2D = (*data)[index-r3] + (*data)[index-r23] - (*data)[index-r23-r3];
527
528                        type_ = type[index];
529                        if (type_ != 0)
530                        {
531                                tmp = pred2D + 2 * (type_ - exe_params->intvRadius) * realPrecision;
532                                if(tmp >= SZ_UINT8_MIN&&tmp<SZ_UINT8_MAX)
533                                        (*data)[index] = tmp;
534                                else if(tmp < SZ_UINT8_MIN)
535                                        (*data)[index] = SZ_UINT8_MIN;
536                                else
537                                        (*data)[index] = SZ_UINT8_MAX;
538                        }
539                        else
540                        {
541                                memcpy(curBytes, exactDataBytePointer, exactByteSize);
542                                exactData = curBytes[0];
543                                exactData = (uint8_t)exactData >> rightShiftBits;
544                                exactDataBytePointer += exactByteSize;
545                                (*data)[index] = exactData + minValue;
546                        }
547
548                        /* Process Row-i data 1 --> data r3-1 */
549                        for (jj = 1; jj < r3; jj++)
550                        {
551                                index = kk*r23 + ii*r3 + jj;
552                                pred3D = (*data)[index-1] + (*data)[index-r3] + (*data)[index-r23]
553                                        - (*data)[index-r3-1] - (*data)[index-r23-r3] - (*data)[index-r23-1] + (*data)[index-r23-r3-1];
554
555                                type_ = type[index];
556                                if (type_ != 0)
557                                {
558                                        tmp = pred3D + 2 * (type_ - exe_params->intvRadius) * realPrecision;
559                                        if(tmp >= SZ_UINT8_MIN&&tmp<SZ_UINT8_MAX)
560                                                (*data)[index] = tmp;
561                                        else if(tmp < SZ_UINT8_MIN)
562                                                (*data)[index] = SZ_UINT8_MIN;
563                                        else
564                                                (*data)[index] = SZ_UINT8_MAX;
565                                }
566                                else
567                                {
568                                        memcpy(curBytes, exactDataBytePointer, exactByteSize);
569                                        exactData = curBytes[0];
570                                        exactData = (uint8_t)exactData >> rightShiftBits;
571                                        exactDataBytePointer += exactByteSize;
572                                        (*data)[index] = exactData + minValue;
573                                }
574                        }
575                }
576        }
577
578        free(type);
579        return;
580}
581
582
583void decompressDataSeries_uint8_4D(uint8_t** data, size_t r1, size_t r2, size_t r3, size_t r4, TightDataPointStorageI* tdps)
584{
585        updateQuantizationInfo(tdps->intervals);
586        size_t dataSeriesLength = r1*r2*r3*r4;
587        size_t r234 = r2*r3*r4;
588        size_t r34 = r3*r4;
589
590        double realPrecision = tdps->realPrecision;
591
592        *data = (uint8_t*)malloc(sizeof(uint8_t)*dataSeriesLength);
593        int* type = (int*)malloc(dataSeriesLength*sizeof(int));
594       
595        HuffmanTree* huffmanTree = createHuffmanTree(tdps->stateNum);
596        decode_withTree(huffmanTree, tdps->typeArray, dataSeriesLength, type);
597        SZ_ReleaseHuffman(huffmanTree); 
598
599        uint8_t minValue, exactData;
600
601        minValue = tdps->minValue;
602       
603        int exactByteSize = tdps->exactByteSize;
604        unsigned char* exactDataBytePointer = tdps->exactDataBytes;
605       
606        unsigned char curBytes[8] = {0,0,0,0,0,0,0,0};
607       
608        int rightShiftBits = computeRightShiftBits(exactByteSize, SZ_UINT8);   
609       
610        int type_;
611
612        long pred1D, pred2D, pred3D, tmp;
613        size_t ii, jj, kk, ll;
614        size_t index;
615
616        for (ll = 0; ll < r1; ll++)
617        {
618                ///////////////////////////     Process layer-0 ///////////////////////////
619                /* Process Row-0 data 0*/
620                index = ll*r234;
621                // recover the exact data
622                memcpy(curBytes, exactDataBytePointer, exactByteSize);
623                exactData = curBytes[0];
624                exactData = (uint8_t)exactData >> rightShiftBits;
625                exactDataBytePointer += exactByteSize;
626                (*data)[index] = exactData + minValue;
627
628                /* Process Row-0, data 1 */
629                index = ll*r234+1;
630
631                pred1D = (*data)[index-1];
632
633                type_ = type[index];
634                if (type_ != 0)
635                {
636                        tmp = pred1D + 2 * (type_ - exe_params->intvRadius) * realPrecision;
637                        if(tmp >= SZ_UINT8_MIN&&tmp<SZ_UINT8_MAX)
638                                (*data)[index] = tmp;
639                        else if(tmp < SZ_UINT8_MIN)
640                                (*data)[index] = SZ_UINT8_MIN;
641                        else
642                                (*data)[index] = SZ_UINT8_MAX;
643                }
644                else
645                {
646                        memcpy(curBytes, exactDataBytePointer, exactByteSize);
647                        exactData = curBytes[0];
648                        exactData = (uint8_t)exactData >> rightShiftBits;
649                        exactDataBytePointer += exactByteSize;
650                        (*data)[index] = exactData + minValue;
651                }
652
653                /* Process Row-0, data 2 --> data r4-1 */
654                for (jj = 2; jj < r4; jj++)
655                {
656                        index = ll*r234+jj;
657
658                        pred1D = 2*(*data)[index-1] - (*data)[index-2];
659
660                        type_ = type[index];
661                        if (type_ != 0)
662                        {
663                                tmp = pred1D + 2 * (type_ - exe_params->intvRadius) * realPrecision;
664                                if(tmp >= SZ_UINT8_MIN&&tmp<SZ_UINT8_MAX)
665                                        (*data)[index] = tmp;
666                                else if(tmp < SZ_UINT8_MIN)
667                                        (*data)[index] = SZ_UINT8_MIN;
668                                else
669                                        (*data)[index] = SZ_UINT8_MAX;
670                        }
671                        else
672                        {
673                                memcpy(curBytes, exactDataBytePointer, exactByteSize);
674                                exactData = curBytes[0];
675                                exactData = (uint8_t)exactData >> rightShiftBits;
676                                exactDataBytePointer += exactByteSize;
677                                (*data)[index] = exactData + minValue;
678                        }
679                }
680
681                /* Process Row-1 --> Row-r3-1 */
682                for (ii = 1; ii < r3; ii++)
683                {
684                        /* Process row-ii data 0 */
685                        index = ll*r234+ii*r4;
686
687                        pred1D = (*data)[index-r4];
688
689                        type_ = type[index];
690                        if (type_ != 0)
691                        {
692                                tmp = pred1D + 2 * (type_ - exe_params->intvRadius) * realPrecision;
693                                if(tmp >= SZ_UINT8_MIN&&tmp<SZ_UINT8_MAX)
694                                        (*data)[index] = tmp;
695                                else if(tmp < SZ_UINT8_MIN)
696                                        (*data)[index] = SZ_UINT8_MIN;
697                                else
698                                        (*data)[index] = SZ_UINT8_MAX;
699                        }
700                        else
701                        {
702                                memcpy(curBytes, exactDataBytePointer, exactByteSize);
703                                exactData = curBytes[0];
704                                exactData = (uint8_t)exactData >> rightShiftBits;
705                                exactDataBytePointer += exactByteSize;
706                                (*data)[index] = exactData + minValue;
707                        }
708
709                        /* Process row-ii data 1 --> r4-1*/
710                        for (jj = 1; jj < r4; jj++)
711                        {
712                                index = ll*r234+ii*r4+jj;
713
714                                pred2D = (*data)[index-1] + (*data)[index-r4] - (*data)[index-r4-1];
715
716                                type_ = type[index];
717                                if (type_ != 0)
718                                {
719                                        tmp = pred2D + 2 * (type_ - exe_params->intvRadius) * realPrecision;
720                                        if(tmp >= SZ_UINT8_MIN&&tmp<SZ_UINT8_MAX)
721                                                (*data)[index] = tmp;
722                                        else if(tmp < SZ_UINT8_MIN)
723                                                (*data)[index] = SZ_UINT8_MIN;
724                                        else
725                                                (*data)[index] = SZ_UINT8_MAX;
726                                }
727                                else
728                                {
729                                        memcpy(curBytes, exactDataBytePointer, exactByteSize);
730                                        exactData = curBytes[0];
731                                        exactData = (uint8_t)exactData >> rightShiftBits;
732                                        exactDataBytePointer += exactByteSize;
733                                        (*data)[index] = exactData + minValue;
734                                }
735                        }
736                }
737
738                ///////////////////////////     Process layer-1 --> layer-r2-1 ///////////////////////////
739
740                for (kk = 1; kk < r2; kk++)
741                {
742                        /* Process Row-0 data 0*/
743                        index = ll*r234+kk*r34;
744
745                        pred1D = (*data)[index-r34];
746
747                        type_ = type[index];
748                        if (type_ != 0)
749                        {
750                                tmp = pred1D + 2 * (type_ - exe_params->intvRadius) * realPrecision;
751                                if(tmp >= SZ_UINT8_MIN&&tmp<SZ_UINT8_MAX)
752                                        (*data)[index] = tmp;
753                                else if(tmp < SZ_UINT8_MIN)
754                                        (*data)[index] = SZ_UINT8_MIN;
755                                else
756                                        (*data)[index] = SZ_UINT8_MAX;
757                        }
758                        else
759                        {
760                                memcpy(curBytes, exactDataBytePointer, exactByteSize);
761                                exactData = curBytes[0];
762                                exactData = (uint8_t)exactData >> rightShiftBits;
763                                exactDataBytePointer += exactByteSize;
764                                (*data)[index] = exactData + minValue;
765                        }
766
767                        /* Process Row-0 data 1 --> data r4-1 */
768                        for (jj = 1; jj < r4; jj++)
769                        {
770                                index = ll*r234+kk*r34+jj;
771
772                                pred2D = (*data)[index-1] + (*data)[index-r34] - (*data)[index-r34-1];
773
774                                type_ = type[index];
775                                if (type_ != 0)
776                                {
777                                        tmp = pred2D + 2 * (type_ - exe_params->intvRadius) * realPrecision;
778                                        if(tmp >= SZ_UINT8_MIN&&tmp<SZ_UINT8_MAX)
779                                                (*data)[index] = tmp;
780                                        else if(tmp < SZ_UINT8_MIN)
781                                                (*data)[index] = SZ_UINT8_MIN;
782                                        else
783                                                (*data)[index] = SZ_UINT8_MAX;
784                                }
785                                else
786                                {
787                                        memcpy(curBytes, exactDataBytePointer, exactByteSize);
788                                        exactData = curBytes[0];
789                                        exactData = (uint8_t)exactData >> rightShiftBits;
790                                        exactDataBytePointer += exactByteSize;
791                                        (*data)[index] = exactData + minValue;                         
792                                }
793                        }
794
795                        /* Process Row-1 --> Row-r3-1 */
796                        for (ii = 1; ii < r3; ii++)
797                        {
798                                /* Process Row-i data 0 */
799                                index = ll*r234+kk*r34+ii*r4;
800
801                                pred2D = (*data)[index-r4] + (*data)[index-r34] - (*data)[index-r34-r4];
802
803                                type_ = type[index];
804                                if (type_ != 0)
805                                {
806                                        tmp = pred2D + 2 * (type_ - exe_params->intvRadius) * realPrecision;
807                                        if(tmp >= SZ_UINT8_MIN&&tmp<SZ_UINT8_MAX)
808                                                (*data)[index] = tmp;
809                                        else if(tmp < SZ_UINT8_MIN)
810                                                (*data)[index] = SZ_UINT8_MIN;
811                                        else
812                                                (*data)[index] = SZ_UINT8_MAX;
813                                }
814                                else
815                                {
816                                        memcpy(curBytes, exactDataBytePointer, exactByteSize);
817                                        exactData = curBytes[0];
818                                        exactData = (uint8_t)exactData >> rightShiftBits;
819                                        exactDataBytePointer += exactByteSize;
820                                        (*data)[index] = exactData + minValue;
821                                }
822
823                                /* Process Row-i data 1 --> data r4-1 */
824                                for (jj = 1; jj < r4; jj++)
825                                {
826                                        index = ll*r234+kk*r34+ii*r4+jj;
827
828                                        pred3D = (*data)[index-1] + (*data)[index-r4] + (*data)[index-r34]
829                                                        - (*data)[index-r4-1] - (*data)[index-r34-r4] - (*data)[index-r34-1] + (*data)[index-r34-r4-1];
830
831                                        type_ = type[index];
832                                        if (type_ != 0)
833                                        {
834                                                tmp = pred3D + 2 * (type_ - exe_params->intvRadius) * realPrecision;
835                                                if(tmp >= SZ_UINT8_MIN&&tmp<SZ_UINT8_MAX)
836                                                        (*data)[index] = tmp;
837                                                else if(tmp < SZ_UINT8_MIN)
838                                                        (*data)[index] = SZ_UINT8_MIN;
839                                                else
840                                                        (*data)[index] = SZ_UINT8_MAX;
841                                        }
842                                        else
843                                        {
844                                                memcpy(curBytes, exactDataBytePointer, exactByteSize);
845                                                exactData = curBytes[0];
846                                                exactData = (uint8_t)exactData >> rightShiftBits;
847                                                exactDataBytePointer += exactByteSize;
848                                                (*data)[index] = exactData + minValue;
849                                        }
850                                }
851                        }
852                }
853        }
854
855        free(type);
856        return;
857}
858
859void getSnapshotData_uint8_1D(uint8_t** data, size_t dataSeriesLength, TightDataPointStorageI* tdps, int errBoundMode)
860{       
861        size_t i;
862
863        if (tdps->allSameData) {
864                uint8_t value = tdps->exactDataBytes[0];
865                *data = (uint8_t*)malloc(sizeof(uint8_t)*dataSeriesLength);
866                for (i = 0; i < dataSeriesLength; i++)
867                        (*data)[i] = value;
868        } else {
869                decompressDataSeries_uint8_1D(data, dataSeriesLength, tdps);
870        }
871}
872
873void getSnapshotData_uint8_2D(uint8_t** data, size_t r1, size_t r2, TightDataPointStorageI* tdps, int errBoundMode) 
874{
875        size_t i;
876        size_t dataSeriesLength = r1*r2;
877        if (tdps->allSameData) {
878                uint8_t value = tdps->exactDataBytes[0];
879                *data = (uint8_t*)malloc(sizeof(uint8_t)*dataSeriesLength);
880                for (i = 0; i < dataSeriesLength; i++)
881                        (*data)[i] = value;
882        } else {
883                decompressDataSeries_uint8_2D(data, r1, r2, tdps);
884        }
885}
886
887void getSnapshotData_uint8_3D(uint8_t** data, size_t r1, size_t r2, size_t r3, TightDataPointStorageI* tdps, int errBoundMode)
888{
889        size_t i;
890        size_t dataSeriesLength = r1*r2*r3;
891        if (tdps->allSameData) {
892                uint8_t value = tdps->exactDataBytes[0];
893                *data = (uint8_t*)malloc(sizeof(uint8_t)*dataSeriesLength);
894                for (i = 0; i < dataSeriesLength; i++)
895                        (*data)[i] = value;
896        } else {
897                decompressDataSeries_uint8_3D(data, r1, r2, r3, tdps);
898        }
899}
900
901void getSnapshotData_uint8_4D(uint8_t** data, size_t r1, size_t r2, size_t r3, size_t r4, TightDataPointStorageI* tdps, int errBoundMode)
902{
903        size_t i;
904        size_t dataSeriesLength = r1*r2*r3*r4;
905        if (tdps->allSameData) {
906                uint8_t value = tdps->exactDataBytes[0];
907                *data = (uint8_t*)malloc(sizeof(uint8_t)*dataSeriesLength);
908                for (i = 0; i < dataSeriesLength; i++)
909                        (*data)[i] = value;
910        } else {
911                decompressDataSeries_uint8_4D(data, r1, r2, r3, r4, tdps);
912        }
913}
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.