source: thirdparty/SZ/sz/src/szd_uint8.c @ 9ee2ce3

Revision 9ee2ce3, 25.1 KB checked in by Hal Finkel <hfinkel@…>, 6 years ago (diff)

importing new SZ files
  • Property mode set to 100644
Line 
1/**
2 *  @file szd_uint8.c
3 *  @author Sheng Di
4 *  @date Aug, 2017
5 *  @brief
6 *  (C) 2017 by Mathematics and Computer Science (MCS), Argonne National Laboratory.
7 *      See COPYRIGHT in top-level directory.
8 */
9
10#include <stdlib.h>
11#include <stdio.h>
12#include <string.h>
13#include <math.h>
14#include "TightDataPointStorageI.h"
15#include "sz.h"
16#include "szd_uint8.h"
17#include "Huffman.h"
18#include "utility.h"
19
20/**
21 *
22 *
23 * @return status SUCCESSFUL (SZ_SCES) or not (other error codes) f
24 * */
25int SZ_decompress_args_uint8(uint8_t** newData, size_t r5, size_t r4, size_t r3, size_t r2, size_t r1, unsigned char* cmpBytes, size_t cmpSize)
26{
27        int status = SZ_SCES;
28        size_t dataLength = computeDataLength(r5,r4,r3,r2,r1);
29       
30        //unsigned char* tmpBytes;
31        size_t targetUncompressSize = dataLength <<2; //i.e., *4
32        //tmpSize must be "much" smaller than dataLength
33        size_t i, tmpSize = 3+MetaDataByteLength+1+sizeof(uint8_t)+exe_params->SZ_SIZE_TYPE;
34        unsigned char* szTmpBytes;     
35               
36        if(cmpSize!=4+1+4+MetaDataByteLength && cmpSize!=4+1+8+MetaDataByteLength)
37        {
38                confparams_dec->losslessCompressor = is_lossless_compressed_data(cmpBytes, cmpSize);
39                if(confparams_dec->losslessCompressor!=-1)
40                        confparams_dec->szMode = SZ_BEST_COMPRESSION;
41                else
42                        confparams_dec->szMode = SZ_BEST_SPEED;         
43                if(confparams_dec->szMode==SZ_BEST_SPEED)
44                {
45                        tmpSize = cmpSize;
46                        szTmpBytes = cmpBytes; 
47                }
48                else if(confparams_dec->szMode==SZ_BEST_COMPRESSION || confparams_dec->szMode==SZ_DEFAULT_COMPRESSION)
49                {
50                        if(targetUncompressSize<MIN_ZLIB_DEC_ALLOMEM_BYTES) //Considering the minimum size
51                                targetUncompressSize = MIN_ZLIB_DEC_ALLOMEM_BYTES; 
52                        tmpSize = sz_lossless_decompress(confparams_dec->losslessCompressor, cmpBytes, (unsigned long)cmpSize, &szTmpBytes, (unsigned long)targetUncompressSize+4+MetaDataByteLength+exe_params->SZ_SIZE_TYPE);//               (unsigned long)targetUncompressSize+8: consider the total length under lossless compression mode is actually 3+4+1+targetUncompressSize
53                        //szTmpBytes = (unsigned char*)malloc(sizeof(unsigned char)*tmpSize);
54                        //memcpy(szTmpBytes, tmpBytes, tmpSize);
55                        //free(tmpBytes); //release useless memory             
56                }
57                else
58                {
59                        printf("Wrong value of confparams_dec->szMode in the double compressed bytes.\n");
60                        status = SZ_MERR;
61                        return status;
62                }       
63        }
64        else
65                szTmpBytes = cmpBytes;
66        //TODO: convert szTmpBytes to data array.
67        TightDataPointStorageI* tdps;
68        int errBoundMode = new_TightDataPointStorageI_fromFlatBytes(&tdps, szTmpBytes, tmpSize);
69        //writeByteData(tdps->typeArray, tdps->typeArray_size, "decompress-typebytes.tbt");
70        int dim = computeDimension(r5,r4,r3,r2,r1);     
71        int intSize = sizeof(uint8_t);
72        if(tdps->isLossless)
73        {
74                *newData = (uint8_t*)malloc(intSize*dataLength);
75                if(sysEndianType==BIG_ENDIAN_SYSTEM)
76                {
77                        memcpy(*newData, szTmpBytes+4+MetaDataByteLength+exe_params->SZ_SIZE_TYPE, dataLength*intSize);
78                }
79                else
80                {
81                        unsigned char* p = szTmpBytes+4+MetaDataByteLength+exe_params->SZ_SIZE_TYPE;
82                        for(i=0;i<dataLength;i++,p+=intSize)
83                                (*newData)[i] = *p;
84                }               
85        }
86        else if (dim == 1)
87                getSnapshotData_uint8_1D(newData,r1,tdps, errBoundMode);
88        else
89        if (dim == 2)
90                getSnapshotData_uint8_2D(newData,r2,r1,tdps, errBoundMode);
91        else
92        if (dim == 3)
93                getSnapshotData_uint8_3D(newData,r3,r2,r1,tdps, errBoundMode);
94        else
95        if (dim == 4)
96                getSnapshotData_uint8_4D(newData,r4,r3,r2,r1,tdps, errBoundMode);
97        else
98        {
99                printf("Error: currently support only at most 4 dimensions!\n");
100                status = SZ_DERR;
101        }
102        free_TightDataPointStorageI2(tdps);
103        if(confparams_dec->szMode!=SZ_BEST_SPEED && cmpSize!=4+sizeof(uint8_t)+exe_params->SZ_SIZE_TYPE+MetaDataByteLength)
104                free(szTmpBytes);
105        return status;
106}
107
108
109void decompressDataSeries_uint8_1D(uint8_t** data, size_t dataSeriesLength, TightDataPointStorageI* tdps) 
110{
111        updateQuantizationInfo(tdps->intervals);
112        size_t i;
113        double interval = tdps->realPrecision*2;
114       
115        *data = (uint8_t*)malloc(sizeof(uint8_t)*dataSeriesLength);
116
117        int* type = (int*)malloc(dataSeriesLength*sizeof(int));
118
119        HuffmanTree* huffmanTree = createHuffmanTree(tdps->stateNum);
120        decode_withTree(huffmanTree, tdps->typeArray, dataSeriesLength, type);
121        SZ_ReleaseHuffman(huffmanTree); 
122
123        //sdi:Debug
124        //writeUShortData(type, dataSeriesLength, "decompressStateBytes.sb");
125       
126        long predValue, tmp;
127        uint8_t minValue, exactData;
128       
129        minValue = tdps->minValue;
130       
131        int exactByteSize = tdps->exactByteSize;
132        unsigned char* exactDataBytePointer = tdps->exactDataBytes;
133       
134        unsigned char curBytes[8] = {0,0,0,0,0,0,0,0};
135       
136        int rightShiftBits = computeRightShiftBits(exactByteSize, SZ_UINT8);
137        if(rightShiftBits<0)
138        {
139                printf("Error: rightShift < 0!\n");
140                exit(0);
141        }
142        int type_;
143        for (i = 0; i < dataSeriesLength; i++) {
144                type_ = type[i];
145                switch (type_) {
146                case 0:
147                        // recover the exact data       
148                        memcpy(curBytes, exactDataBytePointer, exactByteSize);
149                        exactData = curBytes[0];
150                        exactData = (uint8_t)exactData >> rightShiftBits;
151                        exactDataBytePointer += exactByteSize;
152                        (*data)[i] = exactData + minValue;
153                        break;
154                default:
155                        //predValue = 2 * (*data)[i-1] - (*data)[i-2];
156                        predValue = (*data)[i-1];
157                        tmp = predValue + (type_-exe_params->intvRadius)*interval;
158                        if(tmp >= SZ_UINT8_MIN&&tmp<SZ_UINT8_MAX)
159                                (*data)[i] = tmp;
160                        else if(tmp < SZ_UINT8_MIN)
161                                (*data)[i] = SZ_UINT8_MIN;
162                        else
163                                (*data)[i] = SZ_UINT8_MAX;
164                        break;
165                }
166                //printf("%.30G\n",(*data)[i]);
167        }
168        free(type);
169        return;
170}
171
172void decompressDataSeries_uint8_2D(uint8_t** data, size_t r1, size_t r2, TightDataPointStorageI* tdps) 
173{
174        updateQuantizationInfo(tdps->intervals);
175        //printf("tdps->intervals=%d, exe_params->intvRadius=%d\n", tdps->intervals, exe_params->intvRadius);
176       
177        size_t dataSeriesLength = r1*r2;
178        //      printf ("%d %d\n", r1, r2);
179
180        double realPrecision = tdps->realPrecision;
181
182        *data = (uint8_t*)malloc(sizeof(uint8_t)*dataSeriesLength);
183
184        int* type = (int*)malloc(dataSeriesLength*sizeof(int));
185
186        HuffmanTree* huffmanTree = createHuffmanTree(tdps->stateNum);
187        decode_withTree(huffmanTree, tdps->typeArray, dataSeriesLength, type);
188        SZ_ReleaseHuffman(huffmanTree); 
189
190        uint8_t minValue, exactData;
191
192        minValue = tdps->minValue;
193       
194        int exactByteSize = tdps->exactByteSize;
195        unsigned char* exactDataBytePointer = tdps->exactDataBytes;
196       
197        unsigned char curBytes[8] = {0,0,0,0,0,0,0,0};
198       
199        int rightShiftBits = computeRightShiftBits(exactByteSize, SZ_UINT8);   
200       
201        long pred1D, pred2D, tmp;
202        size_t ii, jj;
203
204        /* Process Row-0, data 0 */
205
206        // recover the exact data
207        memcpy(curBytes, exactDataBytePointer, exactByteSize);
208        exactData = curBytes[0];
209        exactData = (uint8_t)exactData >> rightShiftBits;
210        exactDataBytePointer += exactByteSize;
211        (*data)[0] = exactData + minValue;
212
213        /* Process Row-0, data 1 */
214        int type_ = type[1]; 
215        if (type_ != 0)
216        {
217                pred1D = (*data)[0];
218                tmp = pred1D + 2 * (type_ - exe_params->intvRadius) * realPrecision;
219                if(tmp >= SZ_UINT8_MIN&&tmp<SZ_UINT8_MAX)
220                        (*data)[1] = tmp;
221                else if(tmp < SZ_UINT8_MIN)
222                        (*data)[1] = SZ_UINT8_MIN;
223                else
224                        (*data)[1] = SZ_UINT8_MAX;
225                       
226        }
227        else
228        {
229                // recover the exact data
230                memcpy(curBytes, exactDataBytePointer, exactByteSize);
231                exactData = curBytes[0];
232                exactData = (uint8_t)exactData >> rightShiftBits;
233                exactDataBytePointer += exactByteSize;
234                (*data)[1] = exactData + minValue;
235        }
236
237        /* Process Row-0, data 2 --> data r2-1 */
238        for (jj = 2; jj < r2; jj++)
239        {
240                type_ = type[jj];
241                if (type_ != 0)
242                {
243                        pred1D = 2*(*data)[jj-1] - (*data)[jj-2];                               
244                        tmp = pred1D + 2 * (type_ - exe_params->intvRadius) * realPrecision;
245                        if(tmp >= SZ_UINT8_MIN&&tmp<SZ_UINT8_MAX)
246                                (*data)[jj] = tmp;
247                        else if(tmp < SZ_UINT8_MIN)
248                                (*data)[jj] = SZ_UINT8_MIN;
249                        else
250                                (*data)[jj] = SZ_UINT8_MAX;
251                }
252                else
253                {
254                        // recover the exact data
255                        memcpy(curBytes, exactDataBytePointer, exactByteSize);
256                        exactData = curBytes[0];
257                        exactData = (uint8_t)exactData >> rightShiftBits;
258                        exactDataBytePointer += exactByteSize;
259                        (*data)[jj] = exactData + minValue;
260                }
261        }
262
263        size_t index;
264        /* Process Row-1 --> Row-r1-1 */
265        for (ii = 1; ii < r1; ii++)
266        {
267                /* Process row-ii data 0 */
268                index = ii*r2;
269
270                type_ = type[index];
271                if (type_ != 0)
272                {
273                        pred1D = (*data)[index-r2];             
274                        tmp = pred1D + 2 * (type_ - exe_params->intvRadius) * realPrecision;
275                        if(tmp >= SZ_UINT8_MIN&&tmp<SZ_UINT8_MAX)
276                                (*data)[index] = tmp;
277                        else if(tmp < SZ_UINT8_MIN)
278                                (*data)[index] = SZ_UINT8_MIN;
279                        else
280                                (*data)[index] = SZ_UINT8_MAX;
281                }
282                else
283                {
284                        // recover the exact data
285                        memcpy(curBytes, exactDataBytePointer, exactByteSize);
286                        exactData = curBytes[0];
287                        exactData = (uint8_t)exactData >> rightShiftBits;
288                        exactDataBytePointer += exactByteSize;
289                        (*data)[index] = exactData + minValue;
290                }
291
292                /* Process row-ii data 1 --> r2-1*/
293                for (jj = 1; jj < r2; jj++)
294                {
295                        index = ii*r2+jj;
296                        pred2D = (*data)[index-1] + (*data)[index-r2] - (*data)[index-r2-1];
297
298                        type_ = type[index];
299                        if (type_ != 0)
300                        {
301                                tmp = pred2D + 2 * (type_ - exe_params->intvRadius) * realPrecision;
302                                if(tmp >= SZ_UINT8_MIN&&tmp<SZ_UINT8_MAX)
303                                        (*data)[index] = tmp;
304                                else if(tmp < SZ_UINT8_MIN)
305                                        (*data)[index] = SZ_UINT8_MIN;
306                                else
307                                        (*data)[index] = SZ_UINT8_MAX;
308                        }
309                        else
310                        {
311                                // recover the exact data
312                                memcpy(curBytes, exactDataBytePointer, exactByteSize);
313                                exactData = curBytes[0];
314                                exactData = (uint8_t)exactData >> rightShiftBits;
315                                exactDataBytePointer += exactByteSize;
316                                (*data)[index] = exactData + minValue;
317                        }
318                }
319        }
320
321        free(type);
322        return;
323}
324
325void decompressDataSeries_uint8_3D(uint8_t** data, size_t r1, size_t r2, size_t r3, TightDataPointStorageI* tdps) 
326{
327        updateQuantizationInfo(tdps->intervals);
328        size_t dataSeriesLength = r1*r2*r3;
329        size_t r23 = r2*r3;
330//      printf ("%d %d %d\n", r1, r2, r3);
331        double realPrecision = tdps->realPrecision;
332
333        *data = (uint8_t*)malloc(sizeof(uint8_t)*dataSeriesLength);
334        int* type = (int*)malloc(dataSeriesLength*sizeof(int));
335
336        HuffmanTree* huffmanTree = createHuffmanTree(tdps->stateNum);
337        decode_withTree(huffmanTree, tdps->typeArray, dataSeriesLength, type);
338        SZ_ReleaseHuffman(huffmanTree); 
339
340        uint8_t minValue, exactData;
341
342        minValue = tdps->minValue;
343       
344        int exactByteSize = tdps->exactByteSize;
345        unsigned char* exactDataBytePointer = tdps->exactDataBytes;
346       
347        unsigned char curBytes[8] = {0,0,0,0,0,0,0,0};
348       
349        int rightShiftBits = computeRightShiftBits(exactByteSize, SZ_UINT8);   
350       
351        long pred1D, pred2D, pred3D, tmp;
352        size_t ii, jj, kk;
353
354        ///////////////////////////     Process layer-0 ///////////////////////////
355        /* Process Row-0 data 0*/
356
357        // recover the exact data
358        memcpy(curBytes, exactDataBytePointer, exactByteSize);
359        exactData = curBytes[0];
360        exactData = (uint8_t)exactData >> rightShiftBits;
361        exactDataBytePointer += exactByteSize;
362        (*data)[0] = exactData + minValue;
363
364        /* Process Row-0, data 1 */
365        pred1D = (*data)[0];
366
367        int type_ = type[1];
368        if (type_ != 0)
369        {
370                tmp = pred1D + 2 * (type_ - exe_params->intvRadius) * realPrecision;
371                if(tmp >= SZ_UINT8_MIN&&tmp<SZ_UINT8_MAX)
372                        (*data)[1] = tmp;
373                else if(tmp < SZ_UINT8_MIN)
374                        (*data)[1] = SZ_UINT8_MIN;
375                else
376                        (*data)[1] = SZ_UINT8_MAX;
377        }
378        else
379        {
380                memcpy(curBytes, exactDataBytePointer, exactByteSize);
381                exactData = curBytes[0];
382                exactData = (uint8_t)exactData >> rightShiftBits;
383                exactDataBytePointer += exactByteSize;
384                (*data)[1] = exactData + minValue;
385        }
386        /* Process Row-0, data 2 --> data r3-1 */
387        for (jj = 2; jj < r3; jj++)
388        {
389                pred1D = 2*(*data)[jj-1] - (*data)[jj-2];
390
391                type_ = type[jj];
392                if (type_ != 0)
393                {
394                        tmp = pred1D + 2 * (type_ - exe_params->intvRadius) * realPrecision;
395                        if(tmp >= SZ_UINT8_MIN&&tmp<SZ_UINT8_MAX)
396                                (*data)[jj] = tmp;
397                        else if(tmp < SZ_UINT8_MIN)
398                                (*data)[jj] = SZ_UINT8_MIN;
399                        else
400                                (*data)[jj] = SZ_UINT8_MAX;             }
401                else
402                {
403                        memcpy(curBytes, exactDataBytePointer, exactByteSize);
404                        exactData = curBytes[0];
405                        exactData = (uint8_t)exactData >> rightShiftBits;
406                        exactDataBytePointer += exactByteSize;
407                        (*data)[jj] = exactData + minValue;
408                }
409        }
410
411        size_t index;
412        /* Process Row-1 --> Row-r2-1 */
413        for (ii = 1; ii < r2; ii++)
414        {
415                /* Process row-ii data 0 */
416                index = ii*r3;
417                pred1D = (*data)[index-r3];
418
419                type_ = type[index];
420                if (type_ != 0)
421                {
422                        tmp = pred1D + 2 * (type_ - exe_params->intvRadius) * realPrecision;
423                        if(tmp >= SZ_UINT8_MIN&&tmp<SZ_UINT8_MAX)
424                                (*data)[index] = tmp;
425                        else if(tmp < SZ_UINT8_MIN)
426                                (*data)[index] = SZ_UINT8_MIN;
427                        else
428                                (*data)[index] = SZ_UINT8_MAX;
429                }
430                else
431                {
432                        memcpy(curBytes, exactDataBytePointer, exactByteSize);
433                        exactData = curBytes[0];
434                        exactData = (uint8_t)exactData >> rightShiftBits;
435                        exactDataBytePointer += exactByteSize;
436                        (*data)[index] = exactData + minValue;
437                }
438
439                /* Process row-ii data 1 --> r3-1*/
440                for (jj = 1; jj < r3; jj++)
441                {
442                        index = ii*r3+jj;
443                        pred2D = (*data)[index-1] + (*data)[index-r3] - (*data)[index-r3-1];
444
445                        type_ = type[index];
446                        if (type_ != 0)
447                        {
448                                tmp = pred2D + 2 * (type_ - exe_params->intvRadius) * realPrecision;
449                                if(tmp >= SZ_UINT8_MIN&&tmp<SZ_UINT8_MAX)
450                                        (*data)[index] = tmp;
451                                else if(tmp < SZ_UINT8_MIN)
452                                        (*data)[index] = SZ_UINT8_MIN;
453                                else
454                                        (*data)[index] = SZ_UINT8_MAX;
455                        }
456                        else
457                        {
458                                memcpy(curBytes, exactDataBytePointer, exactByteSize);
459                                exactData = curBytes[0];
460                                exactData = (uint8_t)exactData >> rightShiftBits;
461                                exactDataBytePointer += exactByteSize;
462                                (*data)[index] = exactData + minValue;
463                        }
464                }
465        }
466
467        ///////////////////////////     Process layer-1 --> layer-r1-1 ///////////////////////////
468
469        for (kk = 1; kk < r1; kk++)
470        {
471                /* Process Row-0 data 0*/
472                index = kk*r23;
473                pred1D = (*data)[index-r23];
474
475                type_ = type[index];
476                if (type_ != 0)
477                {
478                        tmp = pred1D + 2 * (type_ - exe_params->intvRadius) * realPrecision;
479                        if(tmp >= SZ_UINT8_MIN&&tmp<SZ_UINT8_MAX)
480                                (*data)[index] = tmp;
481                        else if(tmp < SZ_UINT8_MIN)
482                                (*data)[index] = SZ_UINT8_MIN;
483                        else
484                                (*data)[index] = SZ_UINT8_MAX;
485                }
486                else
487                {
488                        memcpy(curBytes, exactDataBytePointer, exactByteSize);
489                        exactData = curBytes[0];
490                        exactData = (uint8_t)exactData >> rightShiftBits;
491                        exactDataBytePointer += exactByteSize;
492                        (*data)[index] = exactData + minValue;
493                }
494
495                /* Process Row-0 data 1 --> data r3-1 */
496                for (jj = 1; jj < r3; jj++)
497                {
498                        index = kk*r23+jj;
499                        pred2D = (*data)[index-1] + (*data)[index-r23] - (*data)[index-r23-1];
500
501                        type_ = type[index];
502                        if (type_ != 0)
503                        {
504                                tmp = pred2D + 2 * (type_ - exe_params->intvRadius) * realPrecision;
505                                if(tmp >= SZ_UINT8_MIN&&tmp<SZ_UINT8_MAX)
506                                        (*data)[index] = tmp;
507                                else if(tmp < SZ_UINT8_MIN)
508                                        (*data)[index] = SZ_UINT8_MIN;
509                                else
510                                        (*data)[index] = SZ_UINT8_MAX;
511                        }
512                        else
513                        {
514                                memcpy(curBytes, exactDataBytePointer, exactByteSize);
515                                exactData = curBytes[0];
516                                exactData = (uint8_t)exactData >> rightShiftBits;
517                                exactDataBytePointer += exactByteSize;
518                                (*data)[index] = exactData + minValue;
519                        }
520                }
521
522                /* Process Row-1 --> Row-r2-1 */
523                for (ii = 1; ii < r2; ii++)
524                {
525                        /* Process Row-i data 0 */
526                        index = kk*r23 + ii*r3;
527                        pred2D = (*data)[index-r3] + (*data)[index-r23] - (*data)[index-r23-r3];
528
529                        type_ = type[index];
530                        if (type_ != 0)
531                        {
532                                tmp = pred2D + 2 * (type_ - exe_params->intvRadius) * realPrecision;
533                                if(tmp >= SZ_UINT8_MIN&&tmp<SZ_UINT8_MAX)
534                                        (*data)[index] = tmp;
535                                else if(tmp < SZ_UINT8_MIN)
536                                        (*data)[index] = SZ_UINT8_MIN;
537                                else
538                                        (*data)[index] = SZ_UINT8_MAX;
539                        }
540                        else
541                        {
542                                memcpy(curBytes, exactDataBytePointer, exactByteSize);
543                                exactData = curBytes[0];
544                                exactData = (uint8_t)exactData >> rightShiftBits;
545                                exactDataBytePointer += exactByteSize;
546                                (*data)[index] = exactData + minValue;
547                        }
548
549                        /* Process Row-i data 1 --> data r3-1 */
550                        for (jj = 1; jj < r3; jj++)
551                        {
552                                index = kk*r23 + ii*r3 + jj;
553                                pred3D = (*data)[index-1] + (*data)[index-r3] + (*data)[index-r23]
554                                        - (*data)[index-r3-1] - (*data)[index-r23-r3] - (*data)[index-r23-1] + (*data)[index-r23-r3-1];
555
556                                type_ = type[index];
557                                if (type_ != 0)
558                                {
559                                        tmp = pred3D + 2 * (type_ - exe_params->intvRadius) * realPrecision;
560                                        if(tmp >= SZ_UINT8_MIN&&tmp<SZ_UINT8_MAX)
561                                                (*data)[index] = tmp;
562                                        else if(tmp < SZ_UINT8_MIN)
563                                                (*data)[index] = SZ_UINT8_MIN;
564                                        else
565                                                (*data)[index] = SZ_UINT8_MAX;
566                                }
567                                else
568                                {
569                                        memcpy(curBytes, exactDataBytePointer, exactByteSize);
570                                        exactData = curBytes[0];
571                                        exactData = (uint8_t)exactData >> rightShiftBits;
572                                        exactDataBytePointer += exactByteSize;
573                                        (*data)[index] = exactData + minValue;
574                                }
575                        }
576                }
577        }
578
579        free(type);
580        return;
581}
582
583
584void decompressDataSeries_uint8_4D(uint8_t** data, size_t r1, size_t r2, size_t r3, size_t r4, TightDataPointStorageI* tdps)
585{
586        updateQuantizationInfo(tdps->intervals);
587        size_t dataSeriesLength = r1*r2*r3*r4;
588        size_t r234 = r2*r3*r4;
589        size_t r34 = r3*r4;
590
591        double realPrecision = tdps->realPrecision;
592
593        *data = (uint8_t*)malloc(sizeof(uint8_t)*dataSeriesLength);
594        int* type = (int*)malloc(dataSeriesLength*sizeof(int));
595       
596        HuffmanTree* huffmanTree = createHuffmanTree(tdps->stateNum);
597        decode_withTree(huffmanTree, tdps->typeArray, dataSeriesLength, type);
598        SZ_ReleaseHuffman(huffmanTree); 
599
600        uint8_t minValue, exactData;
601
602        minValue = tdps->minValue;
603       
604        int exactByteSize = tdps->exactByteSize;
605        unsigned char* exactDataBytePointer = tdps->exactDataBytes;
606       
607        unsigned char curBytes[8] = {0,0,0,0,0,0,0,0};
608       
609        int rightShiftBits = computeRightShiftBits(exactByteSize, SZ_UINT8);   
610       
611        int type_;
612
613        long pred1D, pred2D, pred3D, tmp;
614        size_t ii, jj, kk, ll;
615        size_t index;
616
617        for (ll = 0; ll < r1; ll++)
618        {
619                ///////////////////////////     Process layer-0 ///////////////////////////
620                /* Process Row-0 data 0*/
621                index = ll*r234;
622                // recover the exact data
623                memcpy(curBytes, exactDataBytePointer, exactByteSize);
624                exactData = curBytes[0];
625                exactData = (uint8_t)exactData >> rightShiftBits;
626                exactDataBytePointer += exactByteSize;
627                (*data)[index] = exactData + minValue;
628
629                /* Process Row-0, data 1 */
630                index = ll*r234+1;
631
632                pred1D = (*data)[index-1];
633
634                type_ = type[index];
635                if (type_ != 0)
636                {
637                        tmp = pred1D + 2 * (type_ - exe_params->intvRadius) * realPrecision;
638                        if(tmp >= SZ_UINT8_MIN&&tmp<SZ_UINT8_MAX)
639                                (*data)[index] = tmp;
640                        else if(tmp < SZ_UINT8_MIN)
641                                (*data)[index] = SZ_UINT8_MIN;
642                        else
643                                (*data)[index] = SZ_UINT8_MAX;
644                }
645                else
646                {
647                        memcpy(curBytes, exactDataBytePointer, exactByteSize);
648                        exactData = curBytes[0];
649                        exactData = (uint8_t)exactData >> rightShiftBits;
650                        exactDataBytePointer += exactByteSize;
651                        (*data)[index] = exactData + minValue;
652                }
653
654                /* Process Row-0, data 2 --> data r4-1 */
655                for (jj = 2; jj < r4; jj++)
656                {
657                        index = ll*r234+jj;
658
659                        pred1D = 2*(*data)[index-1] - (*data)[index-2];
660
661                        type_ = type[index];
662                        if (type_ != 0)
663                        {
664                                tmp = pred1D + 2 * (type_ - exe_params->intvRadius) * realPrecision;
665                                if(tmp >= SZ_UINT8_MIN&&tmp<SZ_UINT8_MAX)
666                                        (*data)[index] = tmp;
667                                else if(tmp < SZ_UINT8_MIN)
668                                        (*data)[index] = SZ_UINT8_MIN;
669                                else
670                                        (*data)[index] = SZ_UINT8_MAX;
671                        }
672                        else
673                        {
674                                memcpy(curBytes, exactDataBytePointer, exactByteSize);
675                                exactData = curBytes[0];
676                                exactData = (uint8_t)exactData >> rightShiftBits;
677                                exactDataBytePointer += exactByteSize;
678                                (*data)[index] = exactData + minValue;
679                        }
680                }
681
682                /* Process Row-1 --> Row-r3-1 */
683                for (ii = 1; ii < r3; ii++)
684                {
685                        /* Process row-ii data 0 */
686                        index = ll*r234+ii*r4;
687
688                        pred1D = (*data)[index-r4];
689
690                        type_ = type[index];
691                        if (type_ != 0)
692                        {
693                                tmp = pred1D + 2 * (type_ - exe_params->intvRadius) * realPrecision;
694                                if(tmp >= SZ_UINT8_MIN&&tmp<SZ_UINT8_MAX)
695                                        (*data)[index] = tmp;
696                                else if(tmp < SZ_UINT8_MIN)
697                                        (*data)[index] = SZ_UINT8_MIN;
698                                else
699                                        (*data)[index] = SZ_UINT8_MAX;
700                        }
701                        else
702                        {
703                                memcpy(curBytes, exactDataBytePointer, exactByteSize);
704                                exactData = curBytes[0];
705                                exactData = (uint8_t)exactData >> rightShiftBits;
706                                exactDataBytePointer += exactByteSize;
707                                (*data)[index] = exactData + minValue;
708                        }
709
710                        /* Process row-ii data 1 --> r4-1*/
711                        for (jj = 1; jj < r4; jj++)
712                        {
713                                index = ll*r234+ii*r4+jj;
714
715                                pred2D = (*data)[index-1] + (*data)[index-r4] - (*data)[index-r4-1];
716
717                                type_ = type[index];
718                                if (type_ != 0)
719                                {
720                                        tmp = pred2D + 2 * (type_ - exe_params->intvRadius) * realPrecision;
721                                        if(tmp >= SZ_UINT8_MIN&&tmp<SZ_UINT8_MAX)
722                                                (*data)[index] = tmp;
723                                        else if(tmp < SZ_UINT8_MIN)
724                                                (*data)[index] = SZ_UINT8_MIN;
725                                        else
726                                                (*data)[index] = SZ_UINT8_MAX;
727                                }
728                                else
729                                {
730                                        memcpy(curBytes, exactDataBytePointer, exactByteSize);
731                                        exactData = curBytes[0];
732                                        exactData = (uint8_t)exactData >> rightShiftBits;
733                                        exactDataBytePointer += exactByteSize;
734                                        (*data)[index] = exactData + minValue;
735                                }
736                        }
737                }
738
739                ///////////////////////////     Process layer-1 --> layer-r2-1 ///////////////////////////
740
741                for (kk = 1; kk < r2; kk++)
742                {
743                        /* Process Row-0 data 0*/
744                        index = ll*r234+kk*r34;
745
746                        pred1D = (*data)[index-r34];
747
748                        type_ = type[index];
749                        if (type_ != 0)
750                        {
751                                tmp = pred1D + 2 * (type_ - exe_params->intvRadius) * realPrecision;
752                                if(tmp >= SZ_UINT8_MIN&&tmp<SZ_UINT8_MAX)
753                                        (*data)[index] = tmp;
754                                else if(tmp < SZ_UINT8_MIN)
755                                        (*data)[index] = SZ_UINT8_MIN;
756                                else
757                                        (*data)[index] = SZ_UINT8_MAX;
758                        }
759                        else
760                        {
761                                memcpy(curBytes, exactDataBytePointer, exactByteSize);
762                                exactData = curBytes[0];
763                                exactData = (uint8_t)exactData >> rightShiftBits;
764                                exactDataBytePointer += exactByteSize;
765                                (*data)[index] = exactData + minValue;
766                        }
767
768                        /* Process Row-0 data 1 --> data r4-1 */
769                        for (jj = 1; jj < r4; jj++)
770                        {
771                                index = ll*r234+kk*r34+jj;
772
773                                pred2D = (*data)[index-1] + (*data)[index-r34] - (*data)[index-r34-1];
774
775                                type_ = type[index];
776                                if (type_ != 0)
777                                {
778                                        tmp = pred2D + 2 * (type_ - exe_params->intvRadius) * realPrecision;
779                                        if(tmp >= SZ_UINT8_MIN&&tmp<SZ_UINT8_MAX)
780                                                (*data)[index] = tmp;
781                                        else if(tmp < SZ_UINT8_MIN)
782                                                (*data)[index] = SZ_UINT8_MIN;
783                                        else
784                                                (*data)[index] = SZ_UINT8_MAX;
785                                }
786                                else
787                                {
788                                        memcpy(curBytes, exactDataBytePointer, exactByteSize);
789                                        exactData = curBytes[0];
790                                        exactData = (uint8_t)exactData >> rightShiftBits;
791                                        exactDataBytePointer += exactByteSize;
792                                        (*data)[index] = exactData + minValue;                         
793                                }
794                        }
795
796                        /* Process Row-1 --> Row-r3-1 */
797                        for (ii = 1; ii < r3; ii++)
798                        {
799                                /* Process Row-i data 0 */
800                                index = ll*r234+kk*r34+ii*r4;
801
802                                pred2D = (*data)[index-r4] + (*data)[index-r34] - (*data)[index-r34-r4];
803
804                                type_ = type[index];
805                                if (type_ != 0)
806                                {
807                                        tmp = pred2D + 2 * (type_ - exe_params->intvRadius) * realPrecision;
808                                        if(tmp >= SZ_UINT8_MIN&&tmp<SZ_UINT8_MAX)
809                                                (*data)[index] = tmp;
810                                        else if(tmp < SZ_UINT8_MIN)
811                                                (*data)[index] = SZ_UINT8_MIN;
812                                        else
813                                                (*data)[index] = SZ_UINT8_MAX;
814                                }
815                                else
816                                {
817                                        memcpy(curBytes, exactDataBytePointer, exactByteSize);
818                                        exactData = curBytes[0];
819                                        exactData = (uint8_t)exactData >> rightShiftBits;
820                                        exactDataBytePointer += exactByteSize;
821                                        (*data)[index] = exactData + minValue;
822                                }
823
824                                /* Process Row-i data 1 --> data r4-1 */
825                                for (jj = 1; jj < r4; jj++)
826                                {
827                                        index = ll*r234+kk*r34+ii*r4+jj;
828
829                                        pred3D = (*data)[index-1] + (*data)[index-r4] + (*data)[index-r34]
830                                                        - (*data)[index-r4-1] - (*data)[index-r34-r4] - (*data)[index-r34-1] + (*data)[index-r34-r4-1];
831
832                                        type_ = type[index];
833                                        if (type_ != 0)
834                                        {
835                                                tmp = pred3D + 2 * (type_ - exe_params->intvRadius) * realPrecision;
836                                                if(tmp >= SZ_UINT8_MIN&&tmp<SZ_UINT8_MAX)
837                                                        (*data)[index] = tmp;
838                                                else if(tmp < SZ_UINT8_MIN)
839                                                        (*data)[index] = SZ_UINT8_MIN;
840                                                else
841                                                        (*data)[index] = SZ_UINT8_MAX;
842                                        }
843                                        else
844                                        {
845                                                memcpy(curBytes, exactDataBytePointer, exactByteSize);
846                                                exactData = curBytes[0];
847                                                exactData = (uint8_t)exactData >> rightShiftBits;
848                                                exactDataBytePointer += exactByteSize;
849                                                (*data)[index] = exactData + minValue;
850                                        }
851                                }
852                        }
853                }
854        }
855
856        free(type);
857        return;
858}
859
860void getSnapshotData_uint8_1D(uint8_t** data, size_t dataSeriesLength, TightDataPointStorageI* tdps, int errBoundMode)
861{       
862        size_t i;
863
864        if (tdps->allSameData) {
865                uint8_t value = tdps->exactDataBytes[0];
866                *data = (uint8_t*)malloc(sizeof(uint8_t)*dataSeriesLength);
867                for (i = 0; i < dataSeriesLength; i++)
868                        (*data)[i] = value;
869        } else {
870                decompressDataSeries_uint8_1D(data, dataSeriesLength, tdps);
871        }
872}
873
874void getSnapshotData_uint8_2D(uint8_t** data, size_t r1, size_t r2, TightDataPointStorageI* tdps, int errBoundMode) 
875{
876        size_t i;
877        size_t dataSeriesLength = r1*r2;
878        if (tdps->allSameData) {
879                uint8_t value = tdps->exactDataBytes[0];
880                *data = (uint8_t*)malloc(sizeof(uint8_t)*dataSeriesLength);
881                for (i = 0; i < dataSeriesLength; i++)
882                        (*data)[i] = value;
883        } else {
884                decompressDataSeries_uint8_2D(data, r1, r2, tdps);
885        }
886}
887
888void getSnapshotData_uint8_3D(uint8_t** data, size_t r1, size_t r2, size_t r3, TightDataPointStorageI* tdps, int errBoundMode)
889{
890        size_t i;
891        size_t dataSeriesLength = r1*r2*r3;
892        if (tdps->allSameData) {
893                uint8_t value = tdps->exactDataBytes[0];
894                *data = (uint8_t*)malloc(sizeof(uint8_t)*dataSeriesLength);
895                for (i = 0; i < dataSeriesLength; i++)
896                        (*data)[i] = value;
897        } else {
898                decompressDataSeries_uint8_3D(data, r1, r2, r3, tdps);
899        }
900}
901
902void getSnapshotData_uint8_4D(uint8_t** data, size_t r1, size_t r2, size_t r3, size_t r4, TightDataPointStorageI* tdps, int errBoundMode)
903{
904        size_t i;
905        size_t dataSeriesLength = r1*r2*r3*r4;
906        if (tdps->allSameData) {
907                uint8_t value = tdps->exactDataBytes[0];
908                *data = (uint8_t*)malloc(sizeof(uint8_t)*dataSeriesLength);
909                for (i = 0; i < dataSeriesLength; i++)
910                        (*data)[i] = value;
911        } else {
912                decompressDataSeries_uint8_4D(data, r1, r2, r3, r4, tdps);
913        }
914}
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.